Gviz

DOI:10.18129 / B9.bioc.Gviz

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Gviz。

策划沿着基因组坐标数据和注释信息

Bioconductor版本:3.14

基因组数据分析需要综合可视化已知的基因组信息和新的实验数据。Gviz使用biomaRt和rtracklayer包执行注释查询来运用和UCSC翻译这如基因/记录结构网格图形视窗的包。这导致基因组信息一起绘制数据。

作者:Florian Hahne (aut),史蒂芬Durinck (aut),罗伯特·Ivanek (aut (cre),阿恩·穆勒(aut),史蒂夫Lianoglou (aut),通用电气Tan (aut),兰斯·帕森斯(aut)信心Pai (aut),托马斯•麦卡锡(施)Felix恩斯特(施),迈克·史密斯(施)

维护人员:罗伯特Ivanek <罗伯特。在unibas.ch ivanek >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Gviz”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Gviz”)

HTML	R脚本	Gviz用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列,测序,软件,可视化
版本	1.38.4
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.1),方法,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.99.18),GenomicRanges(> = 1.17.20),网格
进口	XVector(> = 0.5.7),rtracklayer(> = 1.25.13),晶格,RColorBrewer,biomaRt(> = 2.11.0),AnnotationDbi(> = 1.27.5),Biobase(> = 2.15.3),GenomicFeatures(> = 1.17.22),ensembldb(> = 14),BSgenome(> = 1.33.1),Biostrings(> = 2.33.11),biovizBase(> = 1.13.8),Rsamtools(> = 1.17.28),latticeExtra-26年(> = 0.6),matrixStats(> = 0.8.14),GenomicAlignments(> = 1.1.16),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),BiocGenerics(> = 0.11.3),消化(> = 0.6.8)、图形、grDevices统计,跑龙套
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,xml2,BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ivanek/Gviz
BugReports	https://github.com/ivanek/Gviz/issues
取决于我	biomvRCNS,chimeraviz,西塞罗,彗星,腰带,DMRforPairs,methylationArrayAnalysis,Pviz,rnaseqGene
进口我	AllelicImbalance,阿尔卑斯山脉,ASpediaFI,ASpli,CAGEfightR,DMRcate,DMRcatedata,埃尔默,GeneStructureTools,GenomicInteractions,微波激射器,mCSEA,餐,methylPipe,motifbreakR,平,primirTSS,regutools,RNAmodR,RNAmodR.AlkAnilineSeq,RNAmodR.RiboMethSeq,分裂,srnadiff,斯坦,trackViewer,TVTB,uncoverappLib,VariantFiltering
建议我	annmap,CAGEWorkflow,cellbaseR,chipseqDB,cn,CNVRanger,位深蓝,ensembldb,GenomicRanges,gwascat,interactiveDisplay,InterMineR,π,pqsfinder,QuasR,RnBeads,裂殖体,Single.mTEC.Transcriptomes,SplicingGraphs,TFutils
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Gviz_1.38.4.tar.gz
Windows二进制	Gviz_1.38.4.zip
macOS 10.13(高山脉)	Gviz_1.38.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Gviz
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Gviz
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Gviz/
包下载报告	下载数据