此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见GreyListChIP.
Bioconductor版本:3.14
识别ChIP实验中输入高信号的区域,在峰值调用期间导致伪峰。在峰值调用之前删除对准这些区域的读取,以便更清晰地进行ChIP分析。
作者:Gord Brown
维护者:戈登布朗<戈登。布朗在cruk.cam.ac.uk>
引文(从R内,输入引用(“GreyListChIP”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“GreyListChIP”)
R脚本 | 从输入库生成灰列表 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,ChIPSeq,报道,DifferentialPeakCalling,GenomeAnnotation,预处理,测序,软件 |
版本 | 1.26.0 |
在Bioconductor | BioC 3.1 (R-3.2)(7年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 4.0),方法,GenomicRanges |
进口 | GenomicAlignments,BSgenome,Rsamtools,rtracklayer,质量平行,GenomeInfoDb,SummarizedExperiment,统计,效用 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,BiocGenerics,RUnit |
SystemRequirements | |
增强了 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | DiffBind,epigraHMM |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | GreyListChIP_1.26.0.tar.gz |
Windows二进制 | GreyListChIP_1.26.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | GreyListChIP_1.26.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GreyListChIP |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GreyListChIP |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GreyListChIP/ |
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