GreyListChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.GreyListChIP

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见GreyListChIP

灰色列表——基于芯片输入的掩码人工制品区域

Bioconductor版本:3.14

识别ChIP实验中输入高信号的区域,在峰值调用期间导致伪峰。在峰值调用之前删除对准这些区域的读取,以便更清晰地进行ChIP分析。

作者:Gord Brown

维护者:戈登布朗<戈登。布朗在cruk.cam.ac.uk>

引文(从R内,输入引用(“GreyListChIP”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“GreyListChIP”)

PDF R脚本 从输入库生成灰列表
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐ChIPSeq报道DifferentialPeakCallingGenomeAnnotation预处理测序软件
版本 1.26.0
在Bioconductor BioC 3.1 (R-3.2)(7年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 4.0),方法,GenomicRanges
进口 GenomicAlignmentsBSgenomeRsamtoolsrtracklayer质量平行,GenomeInfoDbSummarizedExperiment,统计,效用
链接
建议 BiocStyleBiocGenericsRUnit
SystemRequirements
增强了 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
URL
全靠我
进口我 DiffBindepigraHMM
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 GreyListChIP_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 GreyListChIP_1.26.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) GreyListChIP_1.26.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GreyListChIP
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GreyListChIP
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GreyListChIP/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网