Glimma

DOI:10.18129 / B9.bioc.Glimma

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Glimma。

交互的HTML图形

Bioconductor版本:3.14

这个包为分析RNA-sequencing生成交互式可视化数据使用输出从limma,磨边机或者DESeq2包在一个HTML页面。的相互作用是建立在流行的静态表征的分析结果,以提供额外的信息。

作者:Shian Su (aut (cre) Hasaru Kariyawasam (aut),奥利弗Voogd (aut),马修·里奇(aut)慈善法(aut),艾萨克·斯图尔特·李(施)Virshup(施)

维护人员:Shian <苏苏。年代在wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Glimma”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Glimma”)

HTML	R脚本	DESeq2
HTML	R脚本	limma
HTML	R脚本	singlecell
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,微阵列,RNASeq,ReportWriting,测序,软件,可视化
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	htmlwidgets,刨边机,DESeq2,limma,SummarizedExperiment统计数据,jsonlite、方法、S4Vectors
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle,IRanges,GenomicRanges,pryr,AnnotationHub,scRNAseq,嘘,食物
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hasaru-k/GlimmaV2
BugReports	https://github.com/hasaru-k/GlimmaV2/issues
取决于我	RNAseq123
进口我	affycoretools
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Glimma_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	Glimma_2.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	Glimma_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Glimma
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Glimma
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Glimma/
包下载报告	下载数据