GeomxTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeomxTools

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GeomxTools。

NanoString GeoMx工具

Bioconductor版本:3.14

NanoString技术GeoMx技术的工具。包提供的阅读功能DCC和PKC文件基于ExpressionSet派生的对象。标准化和质量控制功能也包括在内。

作者:妮可Ortogero (cre, aut],智杨(aut)

维护人员:妮可Ortogero < nortogero nanostring.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GeomxTools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GeomxTools”)

HTML	R脚本	开发人员介绍NanoStringGeoMxSet
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays,DataImport,ExperimentalDesign,GeneExpression,归一化,ProprietaryPlatforms,蛋白质组学,RNASeq,测序,软件,转录,转录组,mRNAMicroarray
版本	2.0.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院
取决于	R (> = 3.6),Biobase,NanoStringNCTools,S4Vectors
进口	BiocGenerics,rjson,readxl,EnvStats,reshape2统计数据、方法、跑龙套,data.table,离群值,lmerTest,dplyr
链接
建议	rmarkdown,knitr,testthat(> = 3.0.0),平行,ggiraph
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	GeoMxWorkflows
进口我	GeoDiff,SpatialDecon
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GeomxTools_2.0.0.tar.gz
Windows二进制	GeomxTools_2.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	GeomxTools_2.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeomxTools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeomxTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeomxTools/
包下载报告	下载数据