- 家
- Bioconductor 3.14
- 软件包
- GeoDiff
GeoDiff
DOI:10.18129 / B9.bioc.GeoDiff
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GeoDiff。
微分表达式和归一化计算模型基于GeoMx RNA数据
Bioconductor版本:3.14
一系列的统计模型使用计数为背景建模,生成分布特性和样本质量,规范化和微分表达式GeoMx RNA分析数据。通过例子说明了这些方法的应用数据分析装饰图案。
作者:杨Lei (aut)之杨(cre, aut)
维护人员:杨之< zyang nanostring.com >
从内部引用(R,回车引用(“GeoDiff”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GeoDiff”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“GeoDiff”)
| HTML | R脚本 | Workflow_WTA |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,归一化,软件 |
| 版本 | 1.0.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 4.1.0),Biobase |
| 进口 | 矩阵,健壮的,plyr,lme4,Rcpp(> = 1.0.4.6),withr、方法、图形数据,testthat,GeomxTools,NanoStringNCTools |
| 链接 | Rcpp,RcppArmadillo,roptim |
| 建议 | knitr,rmarkdown,dplyr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/Nanostring-Biostats/GeoDiff |
| BugReports | https://github.com/Nanostring-Biostats/GeoDiff |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | GeoDiff_1.0.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GeoDiff_1.0.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | GeoDiff_1.0.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeoDiff |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeoDiff |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GeoDiff/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
