GenomicSuperSignature

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicSuperSignature

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicSuperSignature。

解释RNA-seq实验通过健壮、高效与公共数据库

Bioconductor版本:3.14

这个包提供了一个新颖的方法来解释新转录组数据集通过即时比较没有高性能计算公共档案信息的需求。通过预先计算指数,用户可以识别等公共资源与数据集基因集,网格项,出版。函数来确定可说明的注释和直观的可视化选项在这个包中实现。

作者:Sehyun哦(aut (cre),李维沃尔德伦(aut),肖恩·戴维斯(aut)

维护人员:Sehyun哦< shbrief gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicSuperSignature”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomicSuperSignature”)

HTML	R脚本	介绍RAVmodel
HTML	R脚本	快速入门
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,通路,PrincipalComponent,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,转录组
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0),SummarizedExperiment
进口	ComplexHeatmap,ggplot2、方法、S4Vectors,Biobase,ggpubr,dplyr,情节,BiocFileCache、网格flextable
链接
建议	knitr,rmarkdown,devtools,roxygen2,pkgdown,usethis,BiocStyle,testthat,forcats统计数据,wordcloud,circlize,EnrichmentBrowser,clusterProfiler,msigdbr,集群,RColorBrewer,reshape2,宠物猫,BiocManager,bcellViper,readr,跑龙套
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/shbrief/GenomicSuperSignature
BugReports	https://github.com/shbrief/GenomicSuperSignature/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GenomicSuperSignature_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	GenomicSuperSignature_1.2.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	GenomicSuperSignature_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicSuperSignature
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicSuperSignature
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicSuperSignature/
包下载报告	下载数据