此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见GenomicInteractions.
Bioconductor版本:3.14
用于处理基因组相互作用数据的实用程序,如ChIA-PET或Hi-C,用相互作用信息注释基因组特征,并生成图和汇总统计。
作者:汉斯顿,N., Ing-Simmons, E.,佩里,M., Baresic, A., Lenhard, B.。
维护者:Liz Ing-Simmons < Liz。Ingsimmons在gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“GenomicInteractions”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“GenomicInteractions”)
超文本标记语言 | R脚本 | chiapet_vignette.html |
超文本标记语言 | R脚本 | GenomicInteractions-HiC |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,DataRepresentation,嗝,基础设施,软件 |
版本 | 1.28.0 |
在Bioconductor | BioC 3.0 (R-3.1)(7.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.5),InteractionSet |
进口 | Rsamtools,rtracklayer,GenomicRanges(> = 1.29.6),IRanges,BiocGenerics(> = 0.15.3),data.table,stringr,GenomeInfoDb,ggplot2、网格gridExtra、方法、igraph,S4Vectors(> = 0.13.13),dplyr,Gviz,Biobase,图形,统计,utils, grDevices |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/ComputationalRegulatoryGenomicsICL/GenomicInteractions/ |
全靠我 | |
进口我 | CAGEfightR,HiCDCPlus,spatzie |
建议我 | 芝加哥,埃尔默,sevenC |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | GenomicInteractions_1.28.0.tar.gz |
Windows二进制 | GenomicInteractions_1.28.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | GenomicInteractions_1.28.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicInteractions |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicInteractions |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicInteractions/ |
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