GenomicAlignments

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicAlignments

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicAlignments。

表示和操纵短基因组比对

Bioconductor版本:3.14

提供有效的容器来存储和操纵短基因组比对(通常是通过调整短期读取参考基因组)。这包括读计数,计算覆盖率,结检测和处理核苷酸比对的内容。

作者:Herve页,瓦莱丽•Obenchain马丁摩根

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicAlignments”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomicAlignments”)

PDF	R脚本	介绍GenomicAlignments包
PDF	R脚本	计数与summarizeOverlaps读取
PDF	R脚本	重叠编码
PDF	R脚本	使用一致的核苷酸
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		阅读从BAM文件——第1部分
视频		阅读从BAM文件——第2部分

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,遗传学,ImmunoOncology,基础设施,RNASeq,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.30.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.0.0)、方法BiocGenerics(> = 0.37.0),S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),GenomeInfoDb(> = 1.13.1),GenomicRanges(> = 1.41.5),SummarizedExperiment(> = 1.9.13),Biostrings(> = 2.55.7),Rsamtools(> = 1.31.2)
进口	方法,跑龙套,统计数据,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,Biostrings,Rsamtools,BiocParallel
链接	S4Vectors,IRanges
建议	ShortRead,rtracklayer,BSgenome,GenomicFeatures,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,pasillaBamSubset,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,DESeq2,刨边机,RUnit,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicAlignments
BugReports	https://github.com/Bioconductor/GenomicAlignments/issues
取决于我	AllelicImbalance,alpineData,Basic4Cseq,BasicSTARRseq,ChIPexoQual,groHMM,HelloRanges,hiReadsProcessor,igvR,ORFik,prebs,收回,RiboDiPA,SCATEData,测序,ShortRead,SplicingGraphs
进口我	高山,AneuFinder,APAlyzer,ASpediaFI,ASpli,ATACseqQC,atena,BaalChIP,bambu,biovizBase,breakpointR,BRGenomics,CAGEfightR,篮球选手,chimeraviz,ChIPpeakAnno,ChIPQC,chromstaR,cn,consensusDE,contiBAIT,文案,CoverageView,CrispRVariants,CSSQ,customProDB,DAMEfinder,DegNorm,derfinder,DEScan2,DiffBind,easyRNASeq,exomePeak2,弗雷泽,FunChIP,gcapc,GenoGAM,genomation,GenomicFiles,ggbio,gmapR,gmoviz,GreyListChIP,GUIDEseq,Gviz,HTSeqGenie,icetea,ima,检查,感兴趣,leeBamViews,MACPET,MADSEQ,联合化疗,metagene,metagene2,metaseqR2,methylPipe,马赛克,msgbsR,NADfinder,图片,plyranges,婴儿车,高伦雅芙,ramwas,Rcade,Repitools,RiboProfiling,ribosomeProfilingQC,RNAmodR,咆哮,Rqc,rtracklayer,SCATE,颈背,seqsetvis,SGSeq,soGGi,的,SplicingGraphs,分裂,srnadiff,strandCheckR,TAPseq,TarSeqQC,TCseq,trackViewer,transcriptR,TSRchitect,Ularcirc,UMI4Cats,VaSP,VplotR
建议我	alpineData,amplican,BindingSiteFinder,BiocParallel,csaw,计,GenomeInfoDb,GenomicDataCommons,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRanges,NanoporeRNASeq,parathyroidSE,QuasR,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,Rsamtools,similaRpeak,拖缆,systemPipeR
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GenomicAlignments_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicAlignments_1.30.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	GenomicAlignments_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicAlignments
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicAlignments
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicAlignments/
包下载报告	下载数据