GeneTonic

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneTonic

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GeneTonic。

喜欢分析和积分微分表达式的结果分析和功能富集分析

Bioconductor版本:3.14

这个包提供了一个闪亮的各级应用程序,旨在结合现有的转录组数据和结果,在某种程度上,让它更容易产生深刻的观察和假设,结合交互性和再现性的好处,如通过捕获感兴趣的特性和基因集强调生活会话期间,并创建一个HTML报告一个工件在文本、代码,输出共存。

作者:费德里科•马里尼(aut (cre),安妮凯瑟琳•Ludt (aut)

维护人员:费德里科•马里尼< marinif在uni-mainz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GeneTonic”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GeneTonic”)

HTML	R脚本	GeneTonic用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释,DifferentialExpression,去,GUI,GeneExpression,GeneSetEnrichment,通路,ReportWriting,软件,转录,转录组,可视化
版本	1.6.4,
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	AnnotationDbi,骨干,bs4Dash(> = 2.0.0),circlize,色彩,colourpicker,ComplexHeatmap,dendextend,DESeq2,dplyr,DT,dynamicTreeCut,expm,ggforce,ggplot2,ggrepel,GO.db、图形grDevices、网格igraph,matrixStats、方法、情节,RColorBrewer,rintrojs,rlang,rmarkdown,S4Vectors,尺度,闪亮的,shinyAce,shinycssloaders,shinyWidgets统计数据,SummarizedExperiment,tidyr,不安定的、工具、跑龙套冬青,visNetwork
链接
建议	knitr,BiocStyle,htmltools,clusterProfiler,巨噬细胞,org.Hs.eg.db,magrittr,testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/federicomarini/GeneTonic
BugReports	https://github.com/federicomarini/GeneTonic/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GeneTonic_1.6.4.tar.gz
Windows二进制	GeneTonic_1.6.4.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	GeneTonic_1.6.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneTonic
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeneTonic
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeneTonic/
包下载报告	下载数据