GAPGOM

DOI:10.18129 / B9.bioc.GAPGOM

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GAPGOM。

GAPGOM(小说预测基因注释和其他指标)

Bioconductor版本:3.14

收集的各种措施和工具lncRNA注释预测放入一个可再发行的R包。该包包含两个主要算法;lncRNA2GOA TopoICSim。lncRNA2GOA小说试图注释基因(在这种特定情况下lncRNAs)通过使用各种相关/几何评分方法表达数据相关。关联/得分后,结果注释和充实。TopoICSim是一个基于拓扑方法,比较基因相似性去DAG的基于拓扑信息内容(IC)之间的条款。

作者:Rezvan Ehsani (aut (cre),鬼马小精灵van Mourik (aut),芬恩Drabløs (aut)

维护人员:Rezvan Ehsani < rezvanehsani74 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GAPGOM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GAPGOM”)

HTML	R脚本	介绍GAPGOM
HTML	R脚本	基准和其他相似的方法
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	去,GeneExpression,GenePrediction,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	统计,跑龙套、方法矩阵,fastmatch,plyr,dplyr,magrittr,data.table,igraph,图,RBGL,GO.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,GOSemSim,GEOquery,AnnotationDbi,Biobase,BiocFileCache,matrixStats
链接
建议	org.Dm.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Sc.sgd.db,org.Dr.eg.db,org.Ce.eg.db,org.At.tair.db,org.EcK12.eg.db,org.Bt.eg.db,org.Cf.eg.db,org.Ag.eg.db,org.EcSakai.eg.db,org.Gg.eg.db,org.Pt.eg.db,org.Pf.plasmo.db,org.Mmu.eg.db,org.Ss.eg.db,org.Xl.eg.db,testthat,pryr,knitr,rmarkdown,prettydoc,ggplot2,kableExtra,profvis,reshape2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Berghopper/GAPGOM/
BugReports	https://github.com/Berghopper/GAPGOM/issues/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GAPGOM_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	GAPGOM_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	GAPGOM_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GAPGOM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GAPGOM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GAPGOM/
包下载报告	下载数据