弗雷泽

DOI:10.18129 / B9.bioc.FRASER

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅弗雷泽。

发现罕见RNA-Seq剪接事件数据

Bioconductor版本:3.14

转录组检测罕见的异常剪接事件概要文件。阅读数比预期autoencoder建模的控制混杂因素的数据。鉴于这些期望,比率假定遵循beta-binomial连接特定的分散分布。例外事件被确定为read-count比率显著偏离这个分布。弗雷泽能够检测可变剪接,而且基因内区保留。计划旨在支持诊断领域的罕见疾病,RNA-seq执行识别异常剪接缺陷。

作者:基督教莫特(aut (cre),伊内斯Scheller (aut),韦森特Yepez[所有],朱利安Gagneur (aut)

维护人员:基督教莫特<莫特在in.tum.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(FRASER)

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文档

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browseVignettes (FRASER)

PDF	R脚本	弗雷泽:寻找罕见的拼接在RNA-seq均等的数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing,报道,遗传学,RNASeq,测序,软件
版本	1.6.1
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	BiocParallel,data.table,Rsamtools,SummarizedExperiment
进口	AnnotationDbi,BBmisc,Biobase,BiocGenerics,biomaRt,BSgenome,cowplot,DelayedArray(> = 0.5.11),DelayedMatrixStats,extraDistr,泛型,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRangesgrDevices,ggplot2,ggrepel,HDF5Array,matrixStats、方法、先驱者,pcaMethods,pheatmap,情节,PRROC,RColorBrewer,rhdf5,Rsubread,R.utils,S4Vectors统计数据,宠物猫、工具、跑龙套VGAM
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,covr,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/gagneurlab/FRASER
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	FRASER_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	FRASER_1.6.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	FRASER_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FRASER
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/弗雷泽
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FRASER/
包下载报告	下载数据