ExpressionAtlas

DOI:10.18129 / B9.bioc.ExpressionAtlas

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ExpressionAtlas。

阿特拉斯从EMBL-EBI下载数据集表达式

Bioconductor版本:3.14

这个包是为寻找数据集在EMBL-EBI表达图谱,并下载到R进行进一步分析。每个表达式图谱数据集表示为SimpleList对象每个平台的一个元素。测序数据中包含一个SummarizedExperiment对象,而微阵列数据都包含在一个ExpressionSet或MAList对象。

作者:玛丽亚keay

维护人员:佩德罗情歌< pmadrigal在ebi.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ExpressionAtlas”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ExpressionAtlas”)

HTML	R脚本	ExpressionAtlas
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ArrayExpress,ExperimentData,ExpressionData,MicroarrayData,SequencingData,软件
版本	1.22.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R(> =以下4.4.1)、方法Biobase,SummarizedExperiment,limma,S4Vectors,xml2
进口	跑龙套,XML,httr
链接
建议	knitr,testthat,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	spatialHeatmap
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ExpressionAtlas_1.22.1.tar.gz
Windows二进制	ExpressionAtlas_1.22.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	ExpressionAtlas_1.22.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ExpressionAtlas
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ExpressionAtlas
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ExpressionAtlas/
包下载报告	下载数据