ENCODExplorer

DOI:10.18129 / B9.bioc.ENCODExplorer

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

这个包是Bioconductor的3.14版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅ENCODExplorer。

一个编译的编码元数据

Bioconductor版本:3.14

这个包允许用户快速访问项目文件元数据编码,给辅助函数查询访问rest api进行编码,编码下载数据并保存在SQLite数据库格式。

作者:查尔斯·乔利Beauparlant (aut (cre),奥黛丽勒马特(aut),埃里克·弗尔涅(aut)路易Gendron[所有],Astrid-Louise Deschenes[所有],Arnaud所有权(aut)

维护人员:查尔斯·乔利Beauparlant <查尔斯。在crchul.ulaval.ca joly-beauparlant >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ENCODExplorer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport,基础设施,软件
版本	2.20.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6)
进口	方法、工具jsonlite,RCurl,tidyr,data.table,dplyr,stringr,stringi跑龙套,AnnotationHub,GenomicRanges,rtracklayer,S4Vectors,GenomeInfoDb,ENCODExplorerData
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,knitr,旋度,httr,闪亮的,shinythemes,DT
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/CharlesJB/ENCODExplorer/issues
取决于我
进口我
建议我	TSRchitect
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ENCODExplorer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ENCODExplorer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ENCODExplorer/
包下载报告	下载数据