EGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.EGSEA

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅EGSEA。

合奏的基因集富集分析

Bioconductor版本:3.14

这个包实现了合奏的基因集富集分析(EGSEA)基因的方法设置测试。

作者:母亲Alhamdoosh Luyi田,Milica Ng和马修·里奇

维护人员:妈Alhamdoosh < m。在gmail.com hamdoosh >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“EGSEA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“EGSEA”)

PDF	R脚本	EGSEA装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,DifferentialExpression,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GeneSignaling,GeneTarget,遗传学,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,KEGG,代谢组学,微阵列,MultipleComparison,网络,NetworkEnrichment,OneChannel,通路,蛋白质组学,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,TwoChannel
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),Biobase,计(> = 2.14.4),AnnotationDbi,topGO(> = 2.16.0),pathview(> = 1.4.2)
进口	PADOG(> = 1.6.0),GSVA(> = 1.12.0),globaltest(> = 5.18.0),limma(> = 3.20.9),刨边机(> = 3.6.8),HTMLUtils(> = 0.1.5),hwriter(> = 1.2.2),gplots(> = 2.14.2),ggplot2(> = 1.0.0),安全(> = 3.4.0),stringi(> = 0.5.0)、并行数据,metapgrDevices,图形,跑龙套,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,RColorBrewer、方法、EGSEAdata(> = 1.3.1),htmlwidgets,情节,DT
链接
建议	BiocStyle,knitr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	EGSEA123
进口我
建议我	EGSEAdata
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	EGSEA_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	EGSEA_1.22.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	EGSEA_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EGSEA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EGSEA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EGSEA/
包下载报告	下载数据