恐龙

DOI:10.18129 / B9.bioc.Dino

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅恐龙。

信使rna单细胞测序数据的标准化

Bioconductor版本:3.14

恐龙实现单细胞规范化,信使rna序列数据正确的技术变化,尤其是测序深度,下游分析之前。纠正的方法产生一个矩阵表达式测序深度之间的依赖关系和规范化的全分布表达式;许多现有方法旨在消除只有测序深度之间的依赖项和的均值归一化表达。这是特别有用的上下文中的高度稀疏数据集等其他uninque由10倍基因组学和分子标识符(UMI)基于微流体协议为0的比例与深度有关的原始数据可以表达否则提出了挑战。

作者:贾里德·布朗(aut (cre)Christina Kendziorski(施)

维修工:杰瑞德布朗< brownj biostat.wisc.edu >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“恐龙”)

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文档

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HTML	R脚本	标准化分配重采样的高吞吐量单细胞RNA-sequencing数据
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文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays,GeneExpression,归一化,RNASeq,回归,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	BiocParallel,BiocSingular,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,S4Vectors,矩阵,修拉,matrixStats平行,食物grDevices、统计方法
链接
建议	testthat(> =魅惑,knitr,rmarkdown,BiocStyle,devtools,ggplot2,gridExtra,ggpubr、网格
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/JBrownBiostat/Dino
BugReports	https://github.com/JBrownBiostat/Dino/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Dino_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	Dino_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	Dino_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Dino
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/恐龙
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Dino/
包下载报告	下载数据