DelayedArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.DelayedArray

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见DelayedArray

用于透明地处理磁盘上和内存中类似阵列的数据集的统一框架

Bioconductor版本:3.14

将类似数组的对象(通常是磁盘上的对象)包装在DelayedArray对象中,可以对其执行常见的数组操作,而无需将该对象加载到内存中。为了减少内存使用和优化性能,对对象的操作要么延迟,要么使用块处理机制执行。注意,这也适用于内存中类似数组的对象,如DataFrame对象(通常带有Rle列)、Matrix对象、普通数组和数据帧。

作者:Hervé Pagès ,with contributions from Peter Hickey and Aaron Lun

维护者:Hervé Pagès

引文(从R内,输入引用(“DelayedArray”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“DelayedArray”)

PDF R脚本 DelayedArray / HDF5Array更新
超文本标记语言 实现DelayedArray后端
PDF R脚本 在R中处理大型数组
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释DataRepresentationGenomeAnnotation基础设施软件
版本 0.20.0
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 4.0.0),方法,stats4,矩阵BiocGenerics(> = 0.37.0),MatrixGenerics(> = 1.1.3),S4Vectors(> = 0.27.2),IRanges(> = 2.17.3)
进口 统计数据
链接 S4Vectors
建议 BiocParallelHDF5Array(> = 1.17.12),genefilterSummarizedExperiment气道lobstrDelayedMatrixStatsknitrrmarkdownBiocStyleRUnit
SystemRequirements
增强了
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/DelayedArray
BugReports https://github.com/Bioconductor/DelayedArray/issues
全靠我 DelayedDataFrameDelayedMatrixStatsDelayedRandomArrayGDSArrayHDF5ArrayrestfulSErhdf5clientSCArraysingleCellTKTileDBArrayVCFArray
进口我 后面;beachmatbigPintBiocSingularbsseq篮球选手celarefceldacelldexCepoChromSCapeclusterExperimentcompartmapCRISPRseekcytomapperDelayedTensorDEScan2DropletUtilsDSS埃尔默flowWorkspace弗雷泽GenoGAMGenomicScoresglmGamPoigramm4RGSVAhipathiaimcdatasetsLoomExperimentmbkmeansMethRegmethrixmethylSig米娅miaVizminfiMOFA2mumosanetSmoothNewWaveNxtIRFcoreorthogenePCAtoolsResidualMatrixRTCGAToolboxScaledMatrixscDblFinderscMergescmethscPCA食物用水晶球占卜天窗signatureSearchSingleCellExperimentSummarizedExperimenttransformGamPoiTSCANVariantExperiment伶盗龙weitrixzellkonverter
建议我 BiocGenericsChIPpeakAnnoCNVgearsgwascatiSEE桅杆ProteoDiscoS4Vectors土星SQLDataFrameTrajectoryUtils
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DelayedArray_0.20.0.tar.gz
Windows二进制 DelayedArray_0.20.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) DelayedArray_0.20.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DelayedArray
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DelayedArray
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DelayedArray/
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