DegNorm

DOI:10.18129 / B9.bioc.DegNorm

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DegNorm。

DegNorm:退化为RNA-seq数据规范化

Bioconductor版本:3.14

这个包执行退化正常化散装RNA-seq数据以改进微分表达式分析精度。

作者:王本熊和中正

维护人员:王中正大学< jzwang northwestern.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DegNorm”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DegNorm”)

HTML	R脚本	DegNorm
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,BatchEffect,报道,DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,归一化,质量控制,RNASeq,测序,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	LGPL (> = 3)
取决于	R(> = 4.0.0)方法
进口	Rcpp(> = 1.0.2中),GenomicFeatures平行,foreach,S4Vectors,doParallel,Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments,的热图,data.table统计数据,ggplot2,GenomicRanges,IRanges,plyr,情节跑龙套,冬青
链接	Rcpp,RcppArmadillo,S4Vectors,IRanges
建议	knitr,rmarkdown,formatR
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/jipingw/DegNorm/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DegNorm_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	DegNorm_1.4.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	DegNorm_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DegNorm
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DegNorm
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DegNorm/
包下载报告	下载数据