DEXSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEXSeq

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DEXSeq。

推理RNA-Seq微分外显子的使用

Bioconductor版本:3.14

包是专注于找到微分外显子使用使用RNA-seq外显子之间的数量和样品不同的实验设计。它提供了功能,允许用户进行必要的统计测试基于模型,采用负二项分布来估计方差之间的生物复制和广义线性模型进行测试。包还提供了函数的可视化和探索的结果。

作者:西蒙·安德斯Alejandro雷耶斯<桑德斯在fs.tum.de >和< alejandro.reyes。ds: gmail.com >

维护人员:亚历杭德罗雷耶斯< alejandro.reyes。ds: gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DEXSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“DEXSeq”)

HTML	R脚本	推断微分外显子使用RNA-Seq DEXSeq包数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,可视化
版本	1.40.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(10.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	BiocParallel,Biobase,SummarizedExperiment,IRanges(> = 2.5.17),GenomicRanges(> = 1.23.7),DESeq2(> = 1.9.11),AnnotationDbi,RColorBrewer,S4Vectors(> = 0.23.18)
进口	BiocGenerics,biomaRt,hwriter、方法、stringr,Rsamtools,statmod,geneplotter,genefilter
链接
建议	GenomicFeatures(> = 1.13.29),pasilla(> = 0.2.22),parathyroidSE,BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	IsoformSwitchAnalyzeR,rnaseqDTU
进口我	diffUTR,感兴趣
建议我	bambu,GenomicRanges,pasilla,土星,经验丰富的人,subSeq
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DEXSeq_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	DEXSeq_1.40.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	DEXSeq_1.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEXSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEXSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEXSeq/
包下载报告	下载数据