DAMEfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.DAMEfinder

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DAMEfinder。

发现美女——微分等位基因的甲基化区域

Bioconductor版本:3.14

“DAMEfinder”提供了功能methtuple或俾斯麦输出计算ASM分数和计算贵妇。它还提供了不错的可视化methyl-circle情节。

作者:Stephany Orjuela (aut (cre),达尼亚Machlab (aut)马克。罗宾逊(aut)

维护人员:Stephany Orjuela < sorjuelal gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DAMEfinder”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DAMEfinder”)

HTML	R脚本	DAMEfinder工作流
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道,DNAMethylation,DifferentialMethylation,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	统计数据,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,readr,SummarizedExperiment,GenomicAlignments,stringr,plyr,VariantAnnotation平行,ggplot2,Rsamtools,BiocGenerics、方法、limma,bumphunter,Biostrings,reshape2,cowplot,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,rtracklayer,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/markrobinsonuzh/DAMEfinder/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DAMEfinder_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	DAMEfinder_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	DAMEfinder_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DAMEfinder
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DAMEfinder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DAMEfinder/
包下载报告	下载数据