这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CytoTree。
Bioconductor版本:3.14
一个轨迹推理工具包质量流和血细胞计数数据。CytoTree是一个有价值的工具来构建一个使用质量流和血细胞计数数据树状轨迹。CytoTree的应用范围从聚类和降维轨迹重建和拟时间估计。它提供了完整的质量分析工作流程流和血细胞计数数据。
作者:戴个(aut (cre)
维护人员:戴个< forlynna sjtu.edu.cn >
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):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CytoTree”)
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HTML | R脚本 | Quick_start |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | CellBasedAssays,CellBiology,聚类,FlowCytometry,网络,NetworkInference,软件,可视化 |
版本 | 1.4.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 4.0),igraph |
进口 | FlowSOM,Rtsne,ggplot2,命运,gmodels,flowUtils,Biobase,矩阵,flowCore,股东价值分析,matrixStats、方法、mclust,prettydoc,RANN(> = 2.5),Rcpp(> = 0.12.0),BiocNeighbors,集群,pheatmap,scatterpie,umap,scatterplot3d,limma,stringr、grDevices、网格数据 |
链接 | Rcpp |
建议 | BiocGenerics,knitr,RColorBrewer,rmarkdown,testthat,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://www.r-project.orghttps://github.com/JhuangLab/CytoTree |
BugReports | https://github.com/JhuangLab/CytoTree/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | CytoTree_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | CytoTree_1.4.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | CytoTree_1.4.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CytoTree |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CytoTree |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CytoTree/ |
包下载报告 | 下载数据 |