CoRegNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.CoRegNet

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CoRegNet。

CoRegNet: co-regulatory网络的重建和综合分析

Bioconductor版本:3.14

这个包提供了一些方法来识别活跃转录程序。方法和类导入或推断提供大规模co-regulatory从转录组数据网络。网络编码是模型的特异性转录因子的合作。外部监管证据(TFBS,芯片,…)可以集成评估推断网络和完善它,如果必要的。转录活动的监管机构在网络可以使用他们的影响力的测量来估计一个给定的样本。最后,可以使用交互式UI导航合作监管机构和可视化的网络活动在一个特定的示例或子组样本。拟议的可视化工具可以用来整合基因表达,转录活动,拷贝数状态,样本分类和转录网络包括co-regulation信息。

作者:雷米总,蒂博Venzac和穆罕默德Elati

维护人员:雷米总在< remy.c。总在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CoRegNet”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“CoRegNet”)

HTML	R脚本	自定义打印方法
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneExpression,GeneRegulation,GraphAndNetwork,网络,NetworkEnrichment,NetworkInference,软件,SystemsBiology,转录,可视化
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(7.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.14),igraph,闪亮的,arules、方法
进口
链接
建议	RColorBrewer,gplots,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CoRegNet_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	CoRegNet_1.32.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	CoRegNet_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CoRegNet
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CoRegNet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CoRegNet/
包下载报告	下载数据