ChromSCape

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChromSCape

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ChromSCape。

单细胞分析表观基因组学数据集与闪亮的应用

Bioconductor版本:3.14

ChromSCape -为单个细胞染色质景观分析是一个准备好发射的用户友好的闪亮的应用分析单细胞表观基因组学数据集(scChIP-seq, scATAC-seq、scCUT&Tag…)从对齐数据差异分析与基因集富集分析。是高度互动,使用户能够挽救他们的分析和涵盖范围广泛的分析步骤:QC,预处理,过滤,批处理校正,降维,vizualisation、集群、微分分析和基因分析。

作者:Pacome Prompsy (aut (cre),席琳Vallot (aut)

维护人员:Pacome Prompsy < Pacome。在curie.fr prompsy >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChromSCape”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ChromSCape”)

HTML	R脚本	ChromSCape
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,注释,BatchEffect,ChIPSeq,分类,聚类,DifferentialPeakCalling,表观遗传学,GeneSetEnrichment,MethylSeq,MultipleComparison,归一化,通路,预处理,PrincipalComponent,质量控制,ReportWriting,SingleCell,软件,可视化
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	闪亮的,colourpicker,shinyjs,rtracklayer,shinyFiles,shinyhelper,shinyWidgets,shinydashboardPlus,shinycssloaders,矩阵,情节,shinydashboard,colorRamps,kableExtra,冬青,后面;,BiocParallel平行,Rsamtools,ggplot2,qualV,stringdist,fs,qs,DT,食物,嘘,ConsensusClusterPlus,Rtsne,dplyr,tidyr,GenomicRanges,IRanges,irlba,rlist,umap,宠物猫、方法、jsonlite,刨边机、统计数据、图形、grDevices跑龙套,S4Vectors,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,msigdbr,寿司,forcats,Rcpp,鸡笼,matrixTests,DelayedArray
链接	Rcpp
建议	testthat,knitr,减价,rmarkdown,BiocStyle,Signac,未来
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/vallotlab/ChromSCape
BugReports	https://github.com/vallotlab/ChromSCape/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChromSCape_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	ChromSCape_1.4.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	ChromSCape_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChromSCape
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChromSCape
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChromSCape/
包下载报告	下载数据