冠军
DOI:10.18129 / B9.bioc.ChAMP
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅冠军。
甲基化芯片分析管道Illumina公司HumanMethylation450和史诗
Bioconductor版本:3.14
军售计划包括质量控制指标,选择归一化方法和新方法来识别差异甲基化区域和突出拷贝数变化。
作者:元田(cre, aut),蒂芙尼莫里斯(施),李·斯特灵(施),安德鲁2月[所有],安德鲁Teschendorff[所有],Ankur Chakravarthy(施)
维护人员:元田< champ450k gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“冠军”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“冠军”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“冠军”)
| HTML | R脚本 | 冠军:芯片分析甲基化管道 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | CopyNumber,DNAMethylation,MethylationArray,微阵列,归一化,软件,TwoChannel |
| 版本 | 2.24.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.13 (r - 3.0)(8.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.3),minfi,ChAMPdata(> = 2.6.0),DMRcate,Illumina450ProbeVariants.db,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest,DT,RPMM |
| 进口 | prettydoc,Hmisc,globaltest,股东价值分析,illuminaio,rmarkdown,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19,limma,DNAcopy,preprocessCore,嫁祸于,marray,西瓜,plyr,goseq,missMethyl,kpmt,ggplot2,GenomicRanges,qvalue,isva,doParallel,bumphunter,quadprog,闪亮的,shinythemes,情节(> = 4.5.6),RColorBrewer,dendextend,matrixStats,combinat |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | GeoTcgaData |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | ChAMP_2.24.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS 10.13(高山脉) | ChAMP_2.24.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChAMP |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/冠军 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ChAMP/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
