CellaRepertorium

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellaRepertorium

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见CellaRepertorium．

单细胞免疫受体组(scRNAseq RepSeq/AIRR-seq)的数据结构、聚类和检验

Bioconductor版本:3.14

方法聚类和分析高通量单细胞免疫细胞库，特别是来自10X Genomics VDJ解决方案。包含一个到CD-HIT的R接口(Li和Godzik 2006)。对轻重链数据进行可视化分析的方法。在超几何模型下的特定展开性测试，以及综合寡克隆性测试。

作者:Andrew McDavid [aut, cre]， Yu Gu [aut]， Erik VonKaenel [aut]， Aaron Wagner [aut]， Thomas Lin Pedersen [ctb]

维护者:Andrew McDavid

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CellaRepertorium”)

超文本标记语言	R脚本	介绍CellaRepertorium
超文本标记语言	R脚本	库CDR3序列的聚类和差异使用
超文本标记语言	R脚本	结合曲目与表达式与singlecelexperiment
超文本标记语言	R脚本	基于ui的库数据的质量控制与探索
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，ImmunoOncology，RNASeq，SingleCell，软件，TargetedResequencing，技术，转录组
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)
进口	dplyr，宠物猫，stringr，Biostrings，Rcpp，reshape2、方法、rlang(> = 0.3),purrr，矩阵，S4Vectors，BiocGenerics，tidyr，forcats，进步，统计，效用
链接	Rcpp
建议	testthat，readr，knitr，rmarkdown，ggplot2，BiocStyle，ggdendro，扫帚，lme4，RColorBrewer，SingleCellExperiment，嘘，broom.mixed，cowplot，igraph，ggraph
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/amcdavid/CellaRepertorium
BugReports	https://github.com/amcdavid/CellaRepertorium/issues
全靠我
进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CellaRepertorium_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	CellaRepertorium_1.4.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	CellaRepertorium_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellaRepertorium
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CellaRepertorium
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellaRepertorium/
软件包下载报告	下载数据