CellaRepertorium

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellaRepertorium

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见CellaRepertorium

单细胞免疫受体组(scRNAseq RepSeq/AIRR-seq)的数据结构、聚类和检验

Bioconductor版本:3.14

方法聚类和分析高通量单细胞免疫细胞库,特别是来自10X Genomics VDJ解决方案。包含一个到CD-HIT的R接口(Li和Godzik 2006)。对轻重链数据进行可视化分析的方法。在超几何模型下的特定展开性测试,以及综合寡克隆性测试。

作者:Andrew McDavid [aut, cre], Yu Gu [aut], Erik VonKaenel [aut], Aaron Wagner [aut], Thomas Lin Pedersen [ctb]

维护者:Andrew McDavid

引文(从R内,输入引用(“CellaRepertorium”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“CellaRepertorium”)

超文本标记语言 R脚本 介绍CellaRepertorium
超文本标记语言 R脚本 库CDR3序列的聚类和差异使用
超文本标记语言 R脚本 结合曲目与表达式与singlecelexperiment
超文本标记语言 R脚本 基于ui的库数据的质量控制与探索
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类ImmunoOncologyRNASeqSingleCell软件TargetedResequencing技术转录组
版本 1.4.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.0)
进口 dplyr宠物猫stringrBiostringsRcppreshape2、方法、rlang(> = 0.3),purrr矩阵S4VectorsBiocGenericstidyrforcats进步,统计,效用
链接 Rcpp
建议 testthatreadrknitrrmarkdownggplot2BiocStyleggdendro扫帚lme4RColorBrewerSingleCellExperimentbroom.mixedcowplotigraphggraph
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/amcdavid/CellaRepertorium
BugReports https://github.com/amcdavid/CellaRepertorium/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 CellaRepertorium_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 CellaRepertorium_1.4.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) CellaRepertorium_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellaRepertorium
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CellaRepertorium
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CellaRepertorium/
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