CellTrails

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellTrails

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CellTrails

重建、可视化和分析分支轨迹

Bioconductor版本:3.14

CellTrails是新创的无监督算法按时间排序,单细胞表达数据的可视化和分析。CellTrails利用几何的低维流形学习动机的概念,展示大量的美德,抵消内在的声音单细胞数据造成的辍学生,技术变化,预测变量的冗余。CellTrails使分支轨迹和重建提供了一个直观的图形表示形式表达模式同时沿着所有分支。它允许用户定义和推断出个体的表达动态和多个通路对不同的表型。

作者:丹尼尔Ellwanger (cre, aut cph]

维护人员:丹尼尔Ellwanger < dc.ellwanger.dev gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“CellTrails”)):

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CellTrails”)

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PDF R脚本 CellTrails:重建、可视化和分析分支轨迹从单细胞表达数据
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类,DataRepresentation,DifferentialExpression,DimensionReduction,GeneExpression,ImmunoOncology,测序,SingleCell,软件,TimeCourse
版本 1.12.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(3.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.5),SingleCellExperiment
进口 BiocGenerics,Biobase,cba,dendextend,dtw,EnvStats,ggplot2,ggrepelgrDevices,igraph,maptree、方法、mgcv,reshape2,Rtsne、统计数据、样条函数SummarizedExperiment,跑龙套
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建议 AnnotationDbi,命运,RUnit,,食物,knitr,org.Mm.eg.db,rmarkdown
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源包 CellTrails_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 CellTrails_1.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉) CellTrails_1.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellTrails
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CellTrails
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CellTrails/
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