CellBarcode

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellBarcode

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CellBarcode。

细胞DNA条形码分析工具包

Bioconductor版本:3.14

这个包执行细胞DNA条形码(遗传谱系追踪)分析。包可以处理所有类型的DNA条形码,只要条码在单个测序读和有一个模式,可以通过正则表达式匹配。这个包可以处理条形码与灵活的长度,有或没有UMI(独特的分子标识符)。该工具还可用于预处理的扩增子数据,如CRISPR gRNA筛查、免疫曲目和元基因组测序数据。

作者:中国太阳(cre),安妮玛丽•莱恩(aut),莱拉Perie (aut)

维护人员:蕴结太阳< sunwjie gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CellBarcode”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CellBarcode”)

HTML	R脚本	UMI_Barcode
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CRISPR,预处理,质量控制,测序,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	方法、统计数据Rcpp(> = 1.0.5),data.table(> = 1.12.6),plyr,ggplot2,stringr,magrittr,ShortRead(> = 1.48.0),Biostrings(> = 2.58.0),蛋,Ckmeans.1d.dp跑龙套,S4Vectors
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,testthat(> = 3.0.0),knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CellBarcode_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	CellBarcode_1.0.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	CellBarcode_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellBarcode
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CellBarcode
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellBarcode/
包下载报告	下载数据