CeTF

DOI:10.18129 / B9.bioc.CeTF

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CeTF。

Coexpression使用监管影响因子和转录因子偏相关和信息理论分析

Bioconductor版本:3.14

这个包提供了必要的功能来执行偏相关系数与信息理论(PCIT)(陈归复,2008)和监管的影响因子(RIF)(归复et al . 2010年)算法。PCIT算法识别有意义的相关性定义边缘的加权网络,可以应用于任何correlation-based网络包括但不限于co-expression基因网络,而RIF算法识别关键转录因子(TF)的基因表达数据。这两种算法结合时提供一个非常相关的基因表达研究层的信息(微阵列,RNA-seq和单细胞RNA-seq数据)。

作者:阿尔贝托奥利维拉·德·比亚吉初级(aut (cre),里卡多Perecin Nociti (aut) Breno Osvaldo Funicheli (aut) Joao Paulo比安奇Ximenez[所有],Patricia de桂皮标本馆(施),马塞洛•戈梅斯•德•波拉(施),拉斐尔•多斯桑托斯Bezerra[所有],威尔逊Araujo da Silva初级(aut,黑色)

维修工:阿尔贝托奥利维拉·德·比亚吉初级< cbiagijr gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CeTF”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“CeTF”)

HTML	R脚本	监管影响因子和偏相关分析和信息理论
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,报道,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,微阵列,网络,归一化,RNASeq,回归,测序,SingleCell,软件,转录
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 4.0),方法
进口	circlize,ComplexHeatmap,clusterProfiler,DESeq2,dplyr,GenomicTools,GenomicTools.fileHandler,GGally,ggnetwork,ggplot2,ggpubr,ggrepel、图形、网格igraph,矩阵,网络,Rcpp,RCy3统计数据,SummarizedExperiment,S4Vectors,跑龙套
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	气道,kableExtra,knitr,org.Hs.eg.db,rmarkdown,testthat
SystemRequirements	libcurl4-openssl-dev、libxml2-dev libssl-dev gfortran,建设重要,libz-dev zlib1g-dev
增强了
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取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CeTF_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	CeTF_1.6.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	CeTF_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CeTF
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CeTF
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CeTF/
包下载报告	下载数据