CSSQ

DOI:10.18129 / B9.bioc.CSSQ

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CSSQ。

Chip-seq信号量词管道

Bioconductor版本:3.14

这个包是使用寿命进行统计分析来识别显著不同地区ChIP-seq多个组之间的数据集。

作者:Ashwath库马尔(aut),迈克尔·Y胡锦涛(aut) Yajun梅(aut),散热风扇(aut)

维护人员:风扇在乔治亚理工学院实验室<散热。风扇在biology.gatech.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CSSQ”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CSSQ”)

HTML	R脚本	介绍CSSQ
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,DifferentialPeakCalling,归一化,测序,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	SummarizedExperiment,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,rtracklayer
进口	GenomicAlignments,GenomicFeatures,Rsamtools,ggplot2,统计grDevices跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,减价
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CSSQ_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	CSSQ_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	CSSQ_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CSSQ
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CSSQ
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CSSQ/
包下载报告	下载数据