CNVfilteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVfilteR

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见CNVfilteR

通过SNV呼叫识别CNV呼叫工具的误报

Bioconductor版本:3.14

CNVfilteR识别那些可以通过使用通常在普通NGS管道中获得的单核苷酸变体(SNV)调用来丢弃的cnv。

作者:Jose Marcos Moreno-Cabrera [aut, cre],贝尔纳特·盖尔[au]

维护者:Jose Marcos Moreno-Cabrera

引文(从R内,输入引用(“CNVfilteR”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“CNVfilteR”)

超文本标记语言 R脚本 CNVfilteR装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariationDNASeqDataImport测序软件可视化
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.1)
进口 IRangesGenomicRangesSummarizedExperimentpracma地区为了karyoploteRCopyNumberPlots,图形,utils,VariantAnnotationRsamtoolsGenomeInfoDbBiostrings、方法
链接
建议 knitrBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.maskedrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/jpuntomarcos/CNVfilteR
BugReports https://github.com/jpuntomarcos/CNVfilteR/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 CNVfilteR_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 CNVfilteR_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) CNVfilteR_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVfilteR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CNVfilteR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CNVfilteR/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网