CNVfilteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVfilteR

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见CNVfilteR．

通过SNV呼叫识别CNV呼叫工具的误报

Bioconductor版本:3.14

CNVfilteR识别那些可以通过使用通常在普通NGS管道中获得的单核苷酸变体(SNV)调用来丢弃的cnv。

作者:Jose Marcos Moreno-Cabrera [aut, cre]，贝尔纳特·盖尔[au]

维护者:Jose Marcos Moreno-Cabrera

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CNVfilteR”)

超文本标记语言	R脚本	CNVfilteR装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，DNASeq，DataImport，测序，软件，可视化
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)
进口	IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment，pracma，地区，为了，karyoploteR，CopyNumberPlots，图形，utils，VariantAnnotation，Rsamtools，GenomeInfoDb，Biostrings、方法
链接
建议	knitr，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jpuntomarcos/CNVfilteR
BugReports	https://github.com/jpuntomarcos/CNVfilteR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CNVfilteR_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	CNVfilteR_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CNVfilteR_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVfilteR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CNVfilteR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNVfilteR/
软件包下载报告	下载数据