CIMICE

DOI:10.18129 / B9.bioc.CIMICE

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CIMICE。

CIMICE-R:马尔可夫链方法Inferr癌症进化

Bioconductor版本:3.14

CIMICE工具在肿瘤领域的系统发生学和它的目标是建立一个马尔可夫链(称为癌症恶化马尔可夫链,中国石油物资公司)为了进化模型肿瘤亚型。CIMICE是一个突变的输入矩阵,因此一个布尔矩阵代表改变基因样本的集合。这些示例都假定为获得单细胞DNA分析技术和工具是专门编写使用这些数据的特点CMPC建设。

作者:尼科洛罗西(aut (cre) (Lab.计算生物学和生物信息学,数学系、计算机科学和物理,乌迪内大学 )

维护人员:尼科洛罗西< olocin。在gmail.com issor >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CIMICE”)

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文档

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HTML	R脚本	CIMICE-R:马尔可夫链方法来推断癌症进化
HTML	R脚本	快速指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion,GraphAndNetwork,NetworkInference,系统发生学,ResearchField,SingleCell,软件,StatisticalMethod,技术
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	dplyr,ggplot2,胶水,tidyr,igraph,networkD3,visNetwork,ggcorrplot,purrr,ggraph,统计,跑龙套,maftools,为了,tidygraph,expm,矩阵
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,webshot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/redsnic/CIMICE
BugReports	https://github.com/redsnic/CIMICE/issues
取决于我
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包档案

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源包	CIMICE_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	CIMICE_1.2.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	CIMICE_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CIMICE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CIMICE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CIMICE/
包下载报告	下载数据