催化剂

DOI:10.18129 / B9.bioc.CATALYST

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅催化剂。

血细胞计数数据分析工具

Bioconductor版本:3.14

质量血细胞计数(CyTOF)使用重金属同位素标签而不是像记者荧光标记抗体,从而大大减少光谱重叠和允许检查在单细胞水平50多个参数。而光谱重叠比流式细胞术在CyTOF大大减少明显,溢出由于检测灵敏度,同位素杂质,氧化物的形成可以阻碍数据可解释性。我们设计了催化剂(血细胞计数数据分析工具)提供管道血细胞计数数据的预处理,包括我)规范化使用珠标准,2)单细胞反褶积和iii) bead-based补偿。

作者:海伦娜·l·Crowell (aut (cre),维托R.T. Zanotelli (aut),史蒂芬西威尔(aut (dtc),马克·d·罗宾逊(aut,曾经),贝恩德•Bodenmiller(曾经)

维护人员:海伦娜·l·Crowell <海伦娜。在uzh.ch crowell >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“催化剂”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“催化剂”)

HTML	R脚本	1。预处理
HTML	R脚本	2。微分的发现
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DifferentialExpression,ExperimentalDesign,FlowCytometry,ImmunoOncology,MassSpectrometry,归一化,预处理,SingleCell,软件,StatisticalMethod,可视化
版本	1.18.1
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.0),SingleCellExperiment
进口	circlize,ComplexHeatmap,ConsensusClusterPlus,cowplot,data.table,dplyr,刚果民主共和国,flowCore,FlowSOM,ggplot2,ggrepel,ggridges、图形grDevices、网格gridExtra,magrittr,矩阵,matrixStats、方法、nnls,purrr,RColorBrewer,reshape2,Rtsne,SummarizedExperiment,S4Vectors,尺度,嘘,统计数据
链接
建议	BiocStyle,diffcyt,flowWorkspace,ggcyto,knitr,openCyto,rmarkdown,testthat,uwot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HelenaLC/CATALYST
BugReports	https://github.com/HelenaLC/CATALYST/issues
取决于我	cytofWorkflow
进口我
建议我	diffcyt,imcRtools,treekoR
我的链接
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包档案

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源包	CATALYST_1.18.1.tar.gz
Windows二进制	CATALYST_1.18.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	CATALYST_1.18.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CATALYST
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/催化剂
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CATALYST/
包下载报告	下载数据