BubbleTree

DOI:10.18129 / B9.bioc.BubbleTree

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BubbleTree。

BubbleTree:一个直观的可视化来阐明tumoral异倍性和单克隆体镶嵌性使用新一代测序数据

Bioconductor版本:3.14

CNV分析组的肿瘤样本。

作者:魏朱< zhuw medimmune.com >,迈克尔Kuziora < kuzioram medimmune.com >,托德有折痕的< creasyt medimmune.com >,布兰登·希格斯在medimmune.com < higgsb >

维护人员:托德有折痕的< creasyt medimmune.com >,魏朱< weizhu365 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BubbleTree”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BubbleTree”)

HTML	R脚本	BubbleTree教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,报道,测序,软件
版本	2.24.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(7年)
许可证	LGPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5),IRanges,GenomicRanges,plyr,dplyr,magrittr
进口	BiocGenerics(> = 0.31.6),BiocStyle,Biobase,ggplot2,WriteXLS,gtools,RColorBrewer,limma、网格gtable,gridExtra,biovizBase,e1071、方法、grDevices统计,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BubbleTree_2.24.0.tar.gz
Windows二进制	BubbleTree_2.24.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	BubbleTree_2.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BubbleTree
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BubbleTree
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BubbleTree/
包下载报告	下载数据