BiocOncoTK

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocOncoTK

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见BiocOncoTK．

用于一般癌症基因组学的生物导体组件

Bioconductor版本:3.14

为癌症研究的基因组规模分析提供各种工具的中心接口。

作者:文斯·凯里

维护者:VJ Carey

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BiocOncoTK”)

超文本标记语言	R脚本	BiocOncoTK—Bioconductor面向癌症的组件
超文本标记语言	R脚本	curatedMSIData概述
超文本标记语言	R脚本	将TCGA肿瘤编码映射到NCIT
PDF		参考手册

细节

biocViews	CopyNumberVariation，CpGIsland，DNAMethylation，GeneExpression，GeneticVariability，ImmunoOncology，单核苷酸多态性，软件，转录
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.6.0)，方法，utils
进口	ComplexHeatmap，S4Vectors，bigrquery，闪亮的统计数据,httr，rjson，dplyr，magrittr、网格DT，GenomicRanges，IRanges，ggplot2，SummarizedExperiment，DBI，GenomicFeatures，curatedTCGAData，尺度，ggpubr，plyr，车，图，Rgraphviz
链接
建议	knitr，dbplyr，org.Hs.eg.db，MultiAssayExperiment，BiocStyle，ontoProc，ontologyPlot，pogo，GenomeInfoDb，restfulSE(> = 1.3.7),BiocFileCache，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，Biobase，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，reshape2，testthat，AnnotationDbi，FDb.InfiniumMethylation.hg19，EnsDb.Hsapiens.v75，rmarkdown，rhdf5client
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BiocOncoTK_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	BiocOncoTK_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	BiocOncoTK_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocOncoTK
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiocOncoTK
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiocOncoTK/
软件包下载报告	下载数据