BiRewire

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiRewire

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BiRewire。

高性能的例程的随机化两偶图(或二进制事件矩阵),无向图和直接签署了保护程度分布(或边际总数)

Bioconductor版本:3.14

快速连续函数由两部分构成的网络重新通过N切换步骤(参见参考资料)和计算的最小数量的转换步骤执行为了最大化不同对原始网络。包括函数的分析,引入了随机性在转换步骤和其他几个例程来分析产生的网络和自然的预测。扩展无向网络和直接签署网络也提供。从版本1.9.7更精确绑定(尤其是对于小型网络)已经实现了。从version 2.2.0分析常规更完整和视觉montioring潜在的马尔可夫链已经实现。从3.6.0图书馆也可以处理矩阵NA(而不是直接签署的图表)。从版本3.27.1可以添加一个约束dsg代:通常是积极的和消极的两个节点之间的弧不可以接受。

作者:安德里亚球迷(aut),弗朗西斯科·人工(aut),朱塞佩Jurman (cbt),大卫。艾博年(cbt),胡里奥Saez-Rodriguez (cbt)。

维修工:安德里亚球迷<米兰球迷。安德里亚:mail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiRewire”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BiRewire”)

PDF	R脚本	BiRewire
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	网络,软件
版本	3.26.5
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(8.5年)
许可证	GPL-3
取决于	igraph,大满贯,Rtsne,矩阵
进口
链接
建议	RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.ebi.ac.uk/ ~人工/ BiRewire
取决于我
进口我	NetSci
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BiRewire_3.26.5.tar.gz
Windows二进制	BiRewire_3.26.5.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	BiRewire_3.26.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiRewire
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiRewire
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiRewire/
包下载报告	下载数据