BgeeCall

DOI:10.18129 / B9.bioc.BgeeCall

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BgeeCall。

自动RNA-Seq礼物/缺失基因表达调用生成

Bioconductor版本:3.14

BgeeCall允许生成礼物/缺失基因表达调用不使用任意截像TPM < 1。调用生成基于参考基因间序列。这些序列的生成是基于表达每个物种的所有RNA-Seq库集成在Bgee (https://bgee.org)。

作者:朱利安Wollbrett (aut (cre),萨拉丰哥(aut),朱利安Roux (aut),马克·罗宾逊Rechavi[所有],弗雷德里克·巴斯蒂安·(aut)

维护人员:朱利安Wollbrett <朱利安。在unil.ch wollbrett >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BgeeCall”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BgeeCall”)

HTML	R脚本	自动RNA-Seq礼物/缺失基因表达调用生成
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,RNASeq,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	GenomicFeatures,tximport,Biostrings,rtracklayer,biomaRt,jsonlite、方法、dplyr,data.table,sjmiscgrDevices图形,统计,跑龙套,rslurm,rhdf5
链接
建议	knitr,testthat,rmarkdown,AnnotationHub,httr
SystemRequirements	kallisto
增强了
URL	https://github.com/BgeeDB/BgeeCall
BugReports	https://github.com/BgeeDB/BgeeCall/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BgeeCall_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	BgeeCall_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	BgeeCall_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BgeeCall
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BgeeCall
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BgeeCall/
包下载报告	下载数据