此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见BRGenomics.
Bioconductor版本:3.14
该软件包为使用标准Bioconductor方法和类分析高分辨率基因组数据提供了有用和高效的实用程序。BRGenomics功能丰富,简化了许多对齐后处理步骤和数据处理。重点是对多个数据集的高效分析,并支持规范化和黑名单。包括以下函数:插入规范化数据;生成基对分辨率读数计数和覆盖数据(例如热图);导入和处理bam文件(例如转换为bigWig文件);生成具有置信区间的元图/元剖面(自举平均剖面);方便地调用DESeq2,而不使用样本盲估计基因离散度;在其他特性中。
作者:Mike DeBerardine [aut, cre]
维护者:Mike DeBerardine
引文(从R内,输入引用(“BRGenomics”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“BRGenomics”)
超文本标记语言 | R脚本 | 分析多数据集 |
超文本标记语言 | R脚本 | 全局扰动的DESeq2 |
超文本标记语言 | R脚本 | 开始 |
超文本标记语言 | R脚本 | 导入和修改注解 |
超文本标记语言 | R脚本 | 导入和处理数据 |
超文本标记语言 | 概述 | |
超文本标记语言 | R脚本 | 轮廓图和引导 |
超文本标记语言 | R脚本 | 序列提取 |
超文本标记语言 | R脚本 | 信号计数 |
超文本标记语言 | R脚本 | 在归一化 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | ATACSeq,ChIPSeq,报道,DataImport,GeneExpression,GeneRegulation,归一化,RNASeq,测序,软件,转录 |
版本 | 1.6.0 |
在Bioconductor | BioC 3.11 (R-4.0)(2年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 4.0),rtracklayer,GenomeInfoDb,S4Vectors |
进口 | GenomicRanges平行,IRanges统计数据,Rsamtools,GenomicAlignments,DESeq2,SummarizedExperiment, utils,方法 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,apeglm,遥控器,ggplot2,reshape2,Biostrings |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://mdeber.github.io |
BugReports | https://github.com/mdeber/BRGenomics/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | BRGenomics_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | BRGenomics_1.6.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | BRGenomics_1.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BRGenomics |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BRGenomics |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/BRGenomics/ |
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