BDMMAcorrect

DOI:10.18129 / B9.bioc.BDMMAcorrect

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BDMMAcorrect。

荟萃分析的宏基因组读计数数据从不同的人群

Bioconductor版本:3.14

宏基因组测序技术使微生物的定量分析。然而,结合微生物数据从这些实验挑战是由于实验之间的差异。现有的方法纠正批不考虑variables-microbial分类单元之间的交互影响微生物研究和微生物的overdispersion数据。因此,他们并不适用于微生物组的数据。我们开发一种新方法,贝叶斯Dirichlet-multinomial回归分析(BDMMA),同时模型批处理效果和检测与表型相关的微生物类群。BDMMA自动模型微生物类群之间的依赖和强劲的高维度微生物及其协会稀疏。

作者:振威戴< daizwhao gmail.com >

维修工:振威戴< daizwhao gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BDMMAcorrect”)

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文档

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PDF	R脚本	BDMMAcorrect_user_guide
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,贝叶斯,ImmunoOncology,微生物组,软件
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(3.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5),素食主义者,椭圆,ggplot2,猿,SummarizedExperiment
进口	Rcpp(> = 0.12.12),RcppArmadillo,RcppEigen,统计数据
链接	Rcpp,RcppArmadillo,RcppEigen
建议	knitr,rmarkdown,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BDMMAcorrect_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	BDMMAcorrect_1.12.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	BDMMAcorrect_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BDMMAcorrect
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BDMMAcorrect
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BDMMAcorrect/
包下载报告	下载数据