AnnotationForge

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationForge

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AnnotationForge。

构建工具SQLite-based注释数据包

Bioconductor版本:3.14

提供了代码生成注释的包和他们的数据库。生产的目的是用于AnnotationDbi包。

作者:马克•卡尔森Herve页面

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“AnnotationForge”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“AnnotationForge”)

PDF	R脚本	AnnotationForge:创建选择界面自定义注释资源
PDF	R脚本	创建探测包
HTML	R脚本	制造新的生物包
PDF	R脚本	SQLForge:一个简单的方法来创建一个新的注释包与一个标准的数据库模式。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,基础设施,软件
版本	1.36.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.5.0)、方法、效用,BiocGenerics(> = 0.15.10),Biobase(> = 1.17.0),AnnotationDbi(> = 1.33.14)
进口	DBI,RSQLite,XML,S4Vectors,RCurl
链接
建议	biomaRt,httr,GenomeInfoDb(> = 1.17.1),Biostrings,affy,hgu95av2.db,human.db0,org.Hs.eg.db,Homo.sapiens,GO.db,减价,BiocStyle,knitr,BiocManager,BiocFileCache
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationForge
BugReports	https://github.com/Bioconductor/AnnotationForge/issues
取决于我
进口我	AnnotationHubData,GGHumanMethCancerPanelv1.db,GOstats,ViSEAGO
建议我	AnnotationDbi,AnnotationHub
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	AnnotationForge_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	AnnotationForge_1.36.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	AnnotationForge_1.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationForge
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AnnotationForge
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationForge/
包下载报告	下载数据