AnnotationForge

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationForge

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AnnotationForge

构建工具SQLite-based注释数据包

Bioconductor版本:3.14

提供了代码生成注释的包和他们的数据库。生产的目的是用于AnnotationDbi包。

作者:马克•卡尔森Herve页面

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

从内部引用(R,回车引用(“AnnotationForge”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“AnnotationForge”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“AnnotationForge”)

PDF R脚本 AnnotationForge:创建选择界面自定义注释资源
PDF R脚本 创建探测包
HTML R脚本 制造新的生物包
PDF R脚本 SQLForge:一个简单的方法来创建一个新的注释包与一个标准的数据库模式。
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释,基础设施,软件
版本 1.36.0
Bioconductor自 BioC 2.11 (r - 2.15)(9.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(> = 3.5.0)、方法、效用,BiocGenerics(> = 0.15.10),Biobase(> = 1.17.0),AnnotationDbi(> = 1.33.14)
进口 DBI,RSQLite,XML,S4Vectors,RCurl
链接
建议 biomaRt,httr,GenomeInfoDb(> = 1.17.1),Biostrings,affy,hgu95av2.db,human.db0,org.Hs.eg.db,Homo.sapiens,GO.db,减价,BiocStyle,knitr,BiocManager,BiocFileCache
SystemRequirements
增强了
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationForge
BugReports https://github.com/Bioconductor/AnnotationForge/issues
取决于我
进口我 AnnotationHubData,GGHumanMethCancerPanelv1.db,GOstats,ViSEAGO
建议我 AnnotationDbi,AnnotationHub
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 AnnotationForge_1.36.0.tar.gz
Windows二进制 AnnotationForge_1.36.0.zip
macOS 10.13(高山脉) AnnotationForge_1.36.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationForge
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AnnotationForge
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationForge/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网