铁砧

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnVIL

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅铁砧。

Bioconductor铁砧上的计算环境

Bioconductor版本:3.14

砧是云计算资源开发的国家人类基因组研究所的一部分。铁砧包提供最终用户和开发人员的功能。对于最终用户,砧提供快速安装二进制包,utitlities处理Terra /砧表和数据资源,便捷的函数文件运动,从谷歌云存储。对于开发bob电竞体育官网人员来说,砧提供jmaki同样访问地球,莱昂纳多,罗尔斯,Dockstore, Gen3 RESTful编程接口,包括辅助函数将JSON响应格式更适合操纵R。

作者:马丁·摩根(aut (cre),Nitesh Turaga (aut), BJ斯塔布斯[所有],文森特·凯里(施),马塞尔•拉莫斯(施),Sehyun哦(施),丝薇Gopaulakrishnan[所有],瓦莱丽Obenchain(施)

维修工:马丁·摩根< mtmorgan。在gmail.com bioc >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“砧”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“砧”)

HTML	R脚本	Dockstore Bioconductor铁砧
HTML	R脚本	介绍砧包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施,软件
版本	1.6.7
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6),dplyr
进口	统计,跑龙套、方法futile.logger,jsonlite,httr,rapiclient(> = 0.1.3),宠物猫,tidyselect,tidyr,rlang,BiocManager
链接
建议	平行,knitr,rmarkdown,testthat,withr,readr,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	cBioPortalData
进口我	AnVILPublish
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	AnVIL_1.6.7.tar.gz
Windows二进制	AnVIL_1.6.7.zip
macOS 10.13(高山脉)	AnVIL_1.6.7.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnVIL
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/铁砧
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AnVIL/
包下载报告	下载数据