AllelicImbalance

DOI:10.18129 / B9.bioc.AllelicImbalance

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AllelicImbalance。

调查特定等位基因表达

Bioconductor版本:3.14

提供了一个框架为等位基因的特定表达式使用RNA-seq数据调查。

作者:Jesper R Gadin Lasse Folkersen

维护人员:Jesper R Gadin <,在gmail.com gadin >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“AllelicImbalance”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“AllelicImbalance”)

PDF	R脚本	AllelicImbalance装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	遗传学,基础设施,测序,软件
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(8.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 4.0.0)、网格GenomicRanges(> = 1.31.8),SummarizedExperiment(> = 0.2.0),GenomicAlignments(> = 1.15.6)
进口	方法,BiocGenerics,AnnotationDbi,BSgenome(> = 1.47.3),VariantAnnotation(> = 1.25.11),Biostrings(> = 2.47.6),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),Rsamtools(> = 1.99.3),GenomicFeatures(> = 1.31.3),Gviz,晶格,latticeExtra,gridExtra,seqinr,GenomeInfoDb,nlme
链接
建议	testthat,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pappewaio/AllelicImbalance
BugReports	https://github.com/pappewaio/AllelicImbalance/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	AllelicImbalance_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	AllelicImbalance_1.32.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	AllelicImbalance_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AllelicImbalance
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AllelicImbalance
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AllelicImbalance/
包下载报告	下载数据