ABAEnrichment

DOI:10.18129 / B9.bioc.ABAEnrichment

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ABAEnrichment。

基因表达浓缩在人类的大脑区域

Bioconductor版本:3.14

包ABAEnrichment旨在测试浓缩的一组用户定义的候选基因的表达基因在不同的大脑区域。核心功能的aba_enrich集成了候选基因的表达(平均在捐助者)和大脑的结构信息使用本体,艾伦大脑图集所提供的项目。“aba_enrich”本体浓缩软件接口函数执行统计分析。这个包中提供额外的功能像‘get_expression’和‘plot_expression促进探索表达数据,而且标准的候选人与背景基因集富集,也实现三个额外的测试,例如排名情况下基因而不是分为候选人和背景。

作者:·斯格罗特

维修工:施特菲·格罗特在eva.mpg.de > < steffi_grote

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ABAEnrichment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ABAEnrichment”)

HTML	R脚本	介绍ABAEnrichment
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,软件
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4)
进口	Rcpp(> = 0.11.5),gplots(> = 2.14.2),gtools(> = 3.5.0),ABAData(> = 0.99.2),data.table(> = 1.10.4),GOfuncR(> = 1.1.2)、grDevices、统计数据、图形、跑龙套
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,knitr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	ABAData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ABAEnrichment_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	ABAEnrichment_1.24.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	ABAEnrichment_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ABAEnrichment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ABAEnrichment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ABAEnrichment/
包下载报告	下载数据