变体
DOI:10.18129 / B9.bioc.variants
这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅变体。
注释的基因变异
Bioconductor版本:3.13
读和写的VCF文件。识别结构变异的位置和计算氨基酸编码变更为非同义变体。使用筛选和PolyPhen数据库包氨基酸编码变更的预测结果。
作者:瓦莱丽Obenchain (aut),马丁•摩根(施)Bioconductor包维护者(cre)
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“变异”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“变异”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“变异”)
| HTML | R脚本 | 注释的基因变异 |
细节
| biocViews | AnnotationWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流 |
| 版本 | 1.16.0 |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.3.0),VariantAnnotation,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131 |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/variants/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | variants_1.16.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS 10.13(高山脉) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variants |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/变体 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/variants/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
