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simpleSingleCell
DOI:10.18129 / B9.bioc.simpleSingleCell
此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见simpleSingleCell．
Bioconductor单细胞RNA-seq数据低层次分析的分步工作流程
Bioconductor版本:3.13
它曾经是一个引以为傲的工作流包，现在只是一个外壳。它的几乎所有内容都被用在https://osca.bioconductor.org上的“用生物导体编排单细胞分析”一书中。这里的大多数小插图都被保留下来，作为曾经的荣耀的提醒，也提供了指向相关OSCA书籍章节的现有外部链接的重定向。
作者:Aaron Lun [aut, cre]， Davis McCarthy [aut]， John Marioni [aut]
维护者:Aaron Lun
引文(从R内，输入引用(“simpleSingleCell”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("simpleSingleCell")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“simpleSingleCell”)
| 超文本标记语言 | 01.简介 | |
| 超文本标记语言 | 02.读计数数据 | |
| 超文本标记语言 | 03.UMI统计数据 | |
| 超文本标记语言 | 04.Droplet-based数据 | |
| 超文本标记语言 | 05.修正批效应 | |
| 超文本标记语言 | 06.质量控制细节 | |
| 超文本标记语言 | 07.在归一化 | |
| 超文本标记语言 | 08.检测对比 | |
| 超文本标记语言 | 09.高级方差建模 | |
| 超文本标记语言 | 10.检测差分表达式 | |
| 超文本标记语言 | 11.高级批量校正 | |
| 超文本标记语言 | 12.大数据的可扩展性 | |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 13.进一步分析策略 |
细节
| biocViews | ImmunoOncologyWorkflow，SingleCellWorkflow，工作流 |
| 版本 | 1.16.0 |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | |
| 进口 | 跑龙套、方法knitr，callr，rmarkdown，CodeDepends，BiocStyle |
| 链接 | |
| 建议 | readxl，R.utils，SingleCellExperiment，嘘，食物，limma，BiocFileCache，org.Mm.eg.db |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/simpleSingleCell/ |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | simpleSingleCell_1.16.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS 10.13 (High Sierra) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simpleSingleCell |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/simpleSingleCell |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/simpleSingleCell/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
