maEndToEnd

DOI:10.18129 / B9.bioc.maEndToEnd

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见maEndToEnd．

使用Affymetrix微阵列进行差异基因表达的端到端工作流程

Bioconductor版本:3.13

在本文中，我们将使用Bioconductor包实现端到端Affymetrix微阵列差分表达工作流。该工作流程直接适用于当前的“Gene”类型阵列，例如HuGene或MoGene阵列，但可以很容易地适用于类似的平台。这里分析的数据是一个典型的临床微阵列数据集，比较了两种疾病亚型的炎症和非炎症结肠组织。对于每种疾病，分析了炎症和非炎症结肠组织之间的差异基因表达。我们将从原始数据CEL文件开始，展示如何将它们导入到Bioconductor ExpressionSet中，执行质量控制和标准化，最后进行差异基因表达(DE)分析，然后进行一些富集分析。

作者:Bernd Klaus [aut]， Stefanie Reisenauer [aut, cre]

维护者:Stefanie Reisenauer

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("maEndToEnd")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“maEndToEnd”)

超文本标记语言	R脚本	使用Affymetrix微阵列进行差异基因表达的端到端工作流程
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow，工作流
版本	2.12.0
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.5.0)，Biobase，oligoClasses，ArrayExpress，pd.hugene.1.0.st.v1，hugene10sttranscriptcluster.db，益生元，arrayQualityMetrics，limma，topGO，ReactomePA，clusterProfiler，gplots，ggplot2，geneplotter，pheatmap，RColorBrewer，dplyr，tidyr，stringr，matrixStats，genefilter，openxlsx，Rgraphviz，enrichplot
进口
链接
建议	BiocStyle，knitr，devtools，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/help/workflows/
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	maEndToEnd_2.12.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/maEndToEnd
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/maEndToEnd
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/maEndToEnd/
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