fluentGenomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.fluentGenomics

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见fluentGenomics

一个plyranges和tximeta工作流程

Bioconductor版本:3.13

使用plyranges和tximeta包进行流畅的基因组数据分析的扩展工作流程。使用tximeta正确导入RNA-seq转录物定量,并将其总结为基因计数,用于下游分析。使用plyrange明确表达基因组坐标上的操作,并结合差异表达和差异可达性分析的结果。

作者:Stuart Lee [aut, cre],迈克尔·勒夫[aut, ctb]

维护者:Stuart Lee < Lee。S at wehi.edu.au>

引文(从R内,输入引用(“fluentGenomics”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("fluentGenomics")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“fluentGenomics”)

超文本标记语言 R脚本 fluentGenomics
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews BasicWorkflowGeneExpressionWorkflow工作流
版本 1.4.0
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.0)
进口 plyranges(> = 1.7.7),dplyrSummarizedExperimentreadr,统计,效用
链接
建议 knitrrmarkdownbookdownrappdirsBiocFileCacheDESeq2limmaggplot2tidyrtximeta(> = 1.4.2),巨噬细胞(> = 1.2.0)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/sa-lee/fluentGenomics
BugReports https://github.com/sa-lee/fluentGenomics/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 fluentGenomics_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fluentGenomics
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/fluentGenomics
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/fluentGenomics/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网