chipseqDB

DOI:10.18129 / B9.bioc.chipseqDB

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见chipseqDB。

一个Bioconductor工作流来检测ChIP-seq数据中的差异绑定

Bioconductor版本:3.13

描述使用滑动窗口执行DB分析的计算工作流。目的是通过提供详细的代码和预期的输出，促进基于窗口的DB分析的实际实现。这里描述的工作流程适用于任何具有多种实验条件和在一种或多种条件下的多个生物样本的ChIP-seq实验。它以从头的方式检测和总结条件之间的DB区域，即不预先假设绑定区域的位置或宽度。然后根据检测到的区域与基因的接近程度进行注释。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Gordon Smyth [aut]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("chipseqDB")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“chipseqDB”)

超文本标记语言		1.简介
超文本标记语言		2.H3K9ac在B细胞中的差异富集
超文本标记语言	R脚本	3.CBP在成纤维细胞中的差异结合
超文本标记语言		4.肺上皮细胞H3K27me3差异富集

细节

biocViews	EpigeneticsWorkflow，ImmunoOncologyWorkflow，工作流
版本	1.16.0
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口
链接
建议	chipseqDBData，BiocStyle，BiocFileCache，ChIPpeakAnno，Gviz，Rsamtools，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，csaw，刨边机，knitr，org.Mm.eg.db，rtracklayer，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/help/workflows/chipseqDB/
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	chipseqDB_1.16.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseqDB
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/chipseqDB
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chipseqDB/
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