depmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.depmap

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅depmap。

癌症地图数据的依赖包

Bioconductor版本:3.13

depmap包是一个数据包从Broad研究所访问datsets depmap癌症使用ExperimentHub依赖性研究。从最新的版本是可用的数据集,包括RNAI和CRISPR-Cas9基因敲除屏幕量化选择癌症细胞系的遗传相关性。也可以使用其他数据集有关日志的基因拷贝数选择细胞系,蛋白表达的细胞系以反相蛋白溶菌产物微阵列(RPPA),记录每百万(TPM)的数据,以及补充数据集包含元数据和突变呼吁其他数据集的当前版本中找到。19第三季版本添加了drug_dependency数据集,包含癌症细胞系依赖数据对药物和药物候选化合物。20 q2版本添加了蛋白质组学数据集,其中包含通过质谱定量分析的蛋白质。这个包将按季度将更新最新的广泛的公共癌症研究所DepMap依赖数据集。所有数据可用在这个包中生成的Broad研究所DepMap为研究目的,而不是用于临床使用。这个数据分布在Creative Commons许可(归因4.0国际(4.0)CC)。

作者:Laurent与[cre, aut]西奥基(aut)

维修工:Laurent与<劳伦。与在uclouvain.be >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“depmap”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“depmap”)

HTML	R脚本	depmap
HTML	R脚本	depmap用例
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AssayDomainData,BreastCancerData,CancerData,CellCulture,ColonCancerData,CopyNumberVariationData,DiseaseModel,ExperimentData,ExperimentHub,基因组,Homo_sapiens_Data,KidneyCancerData,LeukemiaCancerData,LungCancerData,OrganismData,OvarianCancerData,PackageTypeData,ProstateCancerData,蛋白质组,RepositoryData,ReproducibleResearch,SpecimenSource,干细胞的,组织
版本	1.6.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.6),方法,dplyr
进口	跑龙套,ExperimentHub,AnnotationHub
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,冬青,gridExtra,ggplot2,readr,宠物猫,stringr,tidyr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	depmap_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/depmap
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ depmap
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/depmap/
包下载报告	下载数据