curatedMetagenomicData

DOI:10.18129 / B9.bioc.curatedMetagenomicData

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见curatedMetagenomicData．

人类微生物组的宏基因组数据

Bioconductor版本:3.13

策展metagenomicdata包提供标准化的、策展的人类微生物组数据，用于新颖的分析。它包括从不同身体部位收集的样本的基因家族、标记丰度、标记存在、通路丰度、通路覆盖和相对丰度。用MetaPhlAn3计算每个样品的细菌、真菌和古细菌分类丰度，用HUMAnN3计算代谢功能电位。手工管理的样本元数据和标准化宏基因组数据可作为(Tree) summarizeexperiment对象。

作者:Lucas schiffer [aut, cre]、Levi Waldron [aut]、Edoardo Pasolli [ctb]、Jennifer Wokaty [ctb]、Sean Davis [ctb]、Audrey Renson [ctb]、Chloe Mirzayi [ctb]、Paolo Manghi [ctb]、Samuel Gamboa-Tuz [ctb]、Marcel Ramos [ctb]、Valerie Obenchain [ctb]、Kelly Eckenrode [ctb]、Nicola Segata [ctb]

维护者:Lucas schiffer

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("curatedMetagenomicData")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“curatedMetagenomicData”)

超文本标记语言	R脚本	curatedMetagenomicData
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData，ExperimentHub，Homo_sapiens_Data，MicrobiomeData，ReproducibleResearch
版本	3.0.10
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1.0)，SummarizedExperiment，TreeSummarizedExperiment
进口	AnnotationHub，ExperimentHub，S4Vectors，dplyr，magrittr，purrr，rlang，stringr，宠物猫，tidyr，tidyselect
链接
建议	BiocStyle，DT，knitr，米娅，readr，rmarkdown，嘘，testthat跑龙套,uwot，素食主义者
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/curatedMetagenomicData
BugReports	https://github.com/waldronlab/curatedMetagenomicData/issues
全靠我
进口我
建议我	lefser，metavizr，MMUPHin
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	curatedMetagenomicData_3.0.10.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/curatedMetagenomicData
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/curatedMetagenomicData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/curatedMetagenomicData/
软件包下载报告	下载数据