SingleCellMultiModal

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleCellMultiModal

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SingleCellMultiModal

集成多单细胞实验数据集

Bioconductor版本:3.13

SingleCellMultiModal ExperimentHub包,提供多个数据集从地理和其他来源获得和代表MultiAssayExperiment对象。我们提供几个综合数据集包括scNMT 10 x Multiome seqFISH, CITEseq, SCoPE2等等。包的范围是提供数据为基准测试和分析。

作者:马塞尔•拉莫斯(aut (cre),Ricard Argelaguet (aut),达里奥Righelli (aut),凯利Eckenrode (aut),李维沃尔德伦(aut)

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

从内部引用(R,回车引用(“SingleCellMultiModal”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SingleCellMultiModal”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SingleCellMultiModal”)

HTML R脚本 CITEseq脐带血
HTML R脚本 ECCITEseq外周血
HTML R脚本 GT-seq小鼠胚胎
HTML R脚本 scMultiome 10 x PBMC
HTML R脚本 scNMT鼠标原肠胚形成
HTML R脚本 SCoPE2:巨噬细胞和单核细胞
HTML R脚本 seqFISH鼠标视觉皮层
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ExperimentData,ExperimentHub,地理,ReproducibleResearch,SingleCellData
版本 1.4.1
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 4.1.0),MultiAssayExperiment
进口 AnnotationHub,BiocFileCache,BiocGenerics,ExperimentHub,HDF5Array,S4Vectors,SingleCellExperiment,SpatialExperiment,SummarizedExperiment,矩阵、方法、跑龙套
链接
建议 BiocStyle,ggplot2,knitr,RaggedExperiment,rmarkdown,,食物,UpSetR,uwot
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/waldronlab/SingleCellMultiModal/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 SingleCellMultiModal_1.4.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleCellMultiModal
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SingleCellMultiModal
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SingleCellMultiModal/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网