HMP2Data

DOI:10.18129 / B9.bioc.HMP2Data

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见HMP2Data

16s rRNA测序数据来自人类微生物组项目2

Bioconductor版本:3.13

HMP2Data是人类微生物组计划2 (HMP2) 16S rRNA测序数据的Bioconductor包。处理后的数据以phyloseq、summarizeexperiment和MultiAssayExperiment类对象的形式提供。用于构建这些S4类对象的单个矩阵和data.frames也在包中提供。

作者:John Stansfield ,叶卡捷琳娜·斯米尔诺娃<叶卡捷琳娜。Smirnova在vcuhealth.org>,Ni Zhao , Jennifer Fettweis , Levi Waldron , Mikhail Dozmorov

维护者:John Stansfield , Ekaterina Smirnova < Ekaterina。Smirnova在vcuhealth.org>

引文(从R内,输入引用(“HMP2Data”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HMP2Data")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“HMP2Data”)

超文本标记语言 R脚本 HMP2Data
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews ExperimentDataHomo_sapiens_DataMicrobiomeDataReproducibleResearchSequencingData
版本 1.6.0
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.6.0)
进口 AnnotationHub为了dplyrExperimentHubkableExtraknitrmagrittr、方法、readrS4VectorsSummarizedExperimentphyloseqMultiAssayExperimentdata.table
链接
建议 BiobaseBiocCheckBiocManagerBiocStylecowplotdevtoolsggplot2gridExtrarmarkdownroxygen2统计数据,testthat宠物猫UpSetR
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/jstansfield0/HMP2Data
BugReports https://github.com/jstansfield0/HMP2Data/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 HMP2Data_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HMP2Data
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HMP2Data
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/HMP2Data/
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