此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见HMP2Data.
Bioconductor版本:3.13
HMP2Data是人类微生物组计划2 (HMP2) 16S rRNA测序数据的Bioconductor包。处理后的数据以phyloseq、summarizeexperiment和MultiAssayExperiment类对象的形式提供。用于构建这些S4类对象的单个矩阵和data.frames也在包中提供。
作者:John Stansfield
维护者:John Stansfield
引文(从R内,输入引用(“HMP2Data”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HMP2Data")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“HMP2Data”)
超文本标记语言 | R脚本 | HMP2Data |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | ExperimentData,Homo_sapiens_Data,MicrobiomeData,ReproducibleResearch,SequencingData |
版本 | 1.6.0 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 3.6.0) |
进口 | AnnotationHub,为了,dplyr,ExperimentHub,kableExtra,knitr,magrittr、方法、readr,S4Vectors,SummarizedExperiment,phyloseq,MultiAssayExperiment,data.table |
链接 | |
建议 | Biobase,BiocCheck,BiocManager,BiocStyle,cowplot,devtools,ggplot2,gridExtra,还,rmarkdown,roxygen2统计数据,testthat,宠物猫,UpSetR |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/jstansfield0/HMP2Data |
BugReports | https://github.com/jstansfield0/HMP2Data/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | HMP2Data_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS 10.13 (High Sierra) | |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HMP2Data |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HMP2Data |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/HMP2Data/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |